Es muss da kein separater Vertrag zwischen Anbieter und Vodafone existieren.
Bestes Beispiel sind Premium-SMS und Abos sowie die Einmalzahlungen über die Handyrechnung, bei denen die Rechnungssteller Vodafone lediglich als "Inkasso" für ihre Forderung benutzen. Es wird dafür jedoch eine "genormte" Schnittstelle unter allen Anbietern in Deutschland genutzt - und ich bin mir keinesfalls sicher, ob diese Schnittstelle auch Roamingnutzern zur Verfügung steht -oder- ob dies wirklich alleine eine rein deutsche Lösung ist und damit ausschließlich mit deutschen SIM-Karten genutzt werden kann.
Was aber dieser estländische Anbieter macht, ob das Premium-SMS sind oder ob das über eine (rein innerhalb Estlands existierende) Buchungsschnittstelle direkt dort mit den Anbietern verrechnet wird (und ausländische Karten damit eh außen vor sind) -oder- ob es sich um Standardfunktionalitäten der Abrechnung handelt, kann dir nur der Anbieter selbst sagen - denn nur der weiß, was für ein System er einsetzt und ob dies eine Speziallösung nur für Estland ist -oder- ob dies z.B. als Premium-SMS o.ä. auch über Roaming-Karten abgerechnet werden kann.
Da Vodafone (und wahrscheinlich auch die meisten Nutzer hier im Forum) nicht weiß, was dieser Anbieter macht, wirst du hier also auch keine defintive Antwort à la "geht garantiert" oder "geht garantiert nicht" bekommen.
Sofern du andere Zahlungswege wie die von @ttwa2011 erwähte Möglichkeit der Kreditkartenzahlung hast, würde ich persönlich diese eher bevorzugen. Denn ob die Schnittstellen dieses Anbieters mit dem deutschen Vertrag überhaupt kompatibel sind, kann dir wahrscheinlich niemand sagen - außer halt diesem Anbieter, aber wahrscheinlich selbst der nicht, weil der das höchstwahrscheinlich nicht mit Roaming-Karten getestet hat.
Plus das Kurzwahlnummern z.T. von Roaminggeräten gar nicht erreicht werden können - d.h. du an eine estländische Kurzwahl, wie es ja in Deutschland für die Park-SMS z.T. der Fall ist, gar keine SMS schicken und damit den Parkvorgang auch nicht einleiten kannst.